Это продукт средневековой системы университетов. В Средние века структура образования была такова, что большая часть того, что мы сегодня рассматриваем как отдельные науки, была частью общего пространства философии. В частности, физика, химия, биология относились к "натуральной (естественной) философии". Всё это, в свою очередь, опиралось на структуру аристотелевской философии, которая включала три основных раздела: физику, метафизику и этику.
Такое словоупотребление уверенно сохраняется вплоть до 17-18 веков: вспомним, что самое известное сочинение Ньютона называется "Математические начала натуральной философии" (1687). Причём это не просто вопрос словоупотребления. Например, Кант (1724-1804), известный своими философскими работами, также писал о физике и космологии и преподавал естественные науки в своём университете.
Отличными от философии в структуре еврепойских университетов изначально считались только медицина, право и богословие. Но для того, чтобы обучиться одной из этих "высших наук", сначала нужно было завершить обучение по общему курсу "свободных искусств", который, собственно, и включал обучение философии.
С течением времени, в ходе нарастающей специализации, пик которой приходится на 19-20 века, отдельные области знания начинают массово пытаться институционализироваться в качестве самостоятельных дисциплин. Некоторые делают это быстрее, другие - как психология или астрономия - отделяются только на рубеже 19-20 вв. Хорошо видно, как у отцов-основателей психологии - в частности, Вундта и Джемса - есть работы не только по психологии, но и по истории философии, ставшие результатом того, что они читали соответствующие курсы в университетах. Во второй половине 20 века такого уже, конечно, не будет.