Что такое частота одиночного фотона и как связана с его волновым пакетом?

Для фотонов не существует представления в виде волнового пакета. Это справедливо только для массивных частиц. Фотон нельзя локализовать в пространстве, пока не произошло его поглощения.

Но вообще говоря описанная вами ситуация хорошо иллюстрирует природу принципа неопределённости. Чем точнее локализована частица в пространстве, тем менее точно мы знаем её импульс. Чем меньший интервал времени мы рассматриваем, тем менее точно мы можем измерить частоту (энергию) частицы. Хорошо локализованная частица это всегда суперпозиция непрерывного спектра волн разной частоты. Если частица почти точечная (дельта-функция), то это будет спектр всех возможных частот. Для частицы с точно известной частотой/импульсом мы ничего не можем сказать о её положении (случай монохроматической волны).

Ну и конечно не нужно рассматривать волновой пакет как реальные физические волны. Это некая волновая функция, определённая в области комплексных чисел. Физический смысл имеет лишь квадрат её амплитуды, что даёт вероятность обнаружить частицу в том или ином состоянии. Поэтому частицы в квантовой механике не летают по конкретным траекториям, как это рассматривается в рамках классической механики. Более того, всегда есть ненулевая вероятность, что частица просто перепрыгнет из точки А сразу в точку Б (туннельный эффект).