В геноме человека и вируса разные нуклеотидные последовательности. достаточно "прочитать" вирусную ДНК методом секвенирования, например, и занести результат в базу данных. И далее просто сравнивать ее с прочитанным геномом человека. Тогда наличие вирусной ДНК можно будет детектировать.
Либо сделать проще и дешевле - методом полимеразной цепной реакции или ПЦР, в википедии ее механизм и применение неплохо описаны.