В самом JS скрипте нет никаких проблем, если его внедрил программист с прямыми руками. В целом код конечно становится тяжелее, но на поисковые системы это не влияет, повторюсь, при грамотной настройке. Как сказали коллеги, нужно проверять на каждом сайте и исходя из результатов тестов уже делать заключение. Вообще большое количество JS на сайте не очень хорошо, но опять же, ряд примеров из топа, где ресурсы просто напичканы различными скриптами и при этом в прямом смысле летают и имеют минимум ошибок валидности. Я всегда склоняюсь к использованию JS там, где это реально необходимо, а не просто натыкать кучу виджетов, которыми не особо пользуются посетители и которые, как раз таки утяжеляют сайт