Удалятся. Для того, чтобы сохранить файлы, вам придётся перекинуть их в память устройства. Если кончится подписка, то в облаке iСloud будут доступны лишь 5 ГБ, которые предоставляются бесплатно.
Если у вас ноутбук с Windows то просто зайдите официальный сайт icloud.com, введя данные своего Apple ID.
Настройки - айклайд - хранилище и его управление. Выберите свое устройство и в пункте "Пареметры резервных копий" отключите программы, для которых не нужно их создавать