Для блок-схем (вернее, UML) я раньше использовал
ArgoUML. Это программа на Java (для настольных систем). Аналог блок-схемы в UML —
диаграмма деятельности (activity diagram). ArgoUML хранит много схем в одном файле.
Сейчас вот погуглил и нашел
DRAKON Editor. Тоже кроссплатформенная, написана на Tcl. Для хранения схем используется sqlite3 (тоже много схем в одном файле).
В Gentoo/CalculateLinux зависимости такие:
emerge -av dev-lang/tcl
emerge -av dev-lang/tk
emerge -av dev-tcltk/tcllib
emerge -av dev-tcltk/tkimg
USE="tcl" emerge -av dev-db/sqlite
Для электрических схем знаю одну программу —
Dia. В ней, конечно, можно делать и другие вещи, в т.ч. блок-схемы. Лично мне она показалась неудобной, т.к. приходится всё выравнивать вручную, но люди пользуются.
Еще для произвольных схем неплохо подходят обычные офисные пакеты: например, в LibreOffice Draw можно рисовать.