Цвета не пропадают. Возможные ошибки: разный режим наложения слоёв, например один слой "обычный, другой слой "перекрытие" и т.д. За основу берётся "нижний" слой.
Второй вариант, прозрачность нижнего слоя меньше 100%.
Других вариантов не вижу, если ваш Photoshop работает корректно.