POP3 удобен тем что письмо при копирование в почтовый клиент удаляется с сервера, это удобно если на сервере не много места, но если удалить письмо вернуть его будет проблематично ил не возможно. Imap предоставляет доступ к письму, то есть письмо храниться на сервере, и копирует только локальную версию.
Если с почтой работает с нескольких устройств выбирайте imap, в противном случае pop3.
Спасибо!