Ключ компьютерной программы - это просто набор бит, их может быть сколько угодно и любой человек может при наличии простейших навыков программирования сгенерировать этих ключей сколько угодно (что и делают всевозможные кейгены). Единственная загвоздка - как убедить издателя игры (или саму программу, если в ней внутренняя верификация) признать этот ключ настоящим. Для этого магазин заключает договор с издателями и платит им определенную сумму (или процент, тут я не в курсе) за каждую проданную игру в обмен на то, что все ключи, сгенерированные магазином для игр этого издательства будут считаться настоящими.
В момент верификации вашей покупки магазин генерирует ключ для купленного продукта и отправляет его одновременно вам и издателю этого продукта. Ключ автоматически регистрируется в базе издателя, и тот точно знает сколько копий было куплено.