У меня два диска на одном компьютере, что будет, если я отформатирую один из них?

Системный диск (обычно, С, если Windows) форматировать не нужно, да и вряд ли получится. Тот диск, где нет системных файлов форматировать можно, с системой ничего не случится.

А это смотря какой диск. Если системный, то компьютер перестанет работать, а если не системный — останетесь без данных, которые на нём были записаны.