Если у вас нет допусков к гостайне, смысл проводить проверку? При нахождении в отпуске - это ваше право, выезжать или нет. Если, конечно, вы не сотрудник, каким-либо образом относящийся к правоохранителям.
К тому же, работодатель не может вас обязать сообщать ему о поездках. В соответствии со ст. 3 Федерального закона от 27.07.2006 № 152-ФЗ «О персональных данных» (далее - Закон № 152-ФЗ) персональные данные - любая информация, относящаяся к прямо или косвенно определенному либо определяемому физическому лицу (субъекту персональных данных).
Согласно ст. 6 Закона № 152-ФЗ обработка персональных данных осуществляется с согласия субъекта персональных данных на обработку его персональных данных.
Ну и узнать о выезде он может только одним законным способом - попросив предъявить загран паспорт, что можно не делать.