В сентябре климат в Алтае можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Алтае 15 дождливых, 14 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и октябре Алтай cчитается местом, некомфортным для посещения.