В сентябре климат Байконуре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 20 градусов тепла. В среднем в сентябре Байконуре 28 ясных и 2 дня с переменной облачностью. В сентябре, а также в мае и августе Байконур cчитается местом, комфортным для посещения.