В сентябре климат в Ферапонтове можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Ферапонтове 14 пасмурных, 13 дождливых, 2 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле, октябре и ноябре Ферапонтово cчитается местом, некомфортным для посещения.