В сентябре климат в Гуанахуато можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 20 градусов тепла. В среднем в сентябре в Гуанахуато 21 дождливый, 6 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в июне, июле и августе Гуанахуато cчитается местом, некомфортным для посещения.