В сентябре климат в Манаусе можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 33 градуса тепла. В среднем в сентябре в Манаусе 24 дождливых, 2 ясных, 2 пасмурных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Манаус cчитается местом, некомфортным для посещения.