Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Новом Васюгане 15 дождливых, 11 пасмурных, 3 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и октябре Новый Васюган cчитается местом, некомфортным для посещения.