В июне климат в Пуэрто-Принсесе можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 29 градусов тепла. В среднем в июне в Пуэрто-Принсесе 27 дождливых и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в мае, июле, августе и сентябре Пуэрто-Принсеса cчитается местом, некомфортным для посещения.