В сентябре климат в Сан-Хосе-дель-Гуавьяре можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 28 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан-Хосе-дель-Гуавьяре 28 дождливых и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в марте, апреле, мае и июне Сан-Хосе-дель-Гуавьяре cчитается местом, некомфортным для посещения.