В сентябре климат в Сан-Мигель-де-Косумеле можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 29 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан-Мигель-де-Косумеле 20 дождливых, 8 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в июне, августе и октябре Сан-Мигель-де-Косумель cчитается местом, некомфортным для посещения.