В сентябре климат в Саныяхтахе можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре в Саныяхтахе 13 пасмурных, 12 дождливых, 4 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и мае Саныяхтах cчитается местом, некомфортным для посещения.