В июне климат в Сан-Томе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 25 градусов тепла. В среднем в июне в Сан-Томе 21 пасмурный, 3 дождливых, 3 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в июле и августе Сан-Томе cчитается местом, комфортным для посещения.