В сентябре климат в Скагене можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Скагене 10 дождливых, 10 с переменной облачностью, 9 ясных и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые.