В сентябре климат в Страконице можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Страконице 12 дней с переменной облачностью, 11 ясных, 6 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые.