В сентябре климат в Великом Устюге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Великом Устюге 15 дождливых, 13 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле и октябре Великий Устюг cчитается местом, некомфортным для посещения.