Если подавать 3НДФЛ в 2019 году на возврат налогового вычета за 2016 год, то учитывается налог от работодателя за 2016 г. или за 2018 г.?

Будет так, как заявите возврат. Правильно и грамотно составленный документ, это залог успеха)))) Возврат возможен за три предыдущих года, но ИФНС сама Вам ничего не начислит, это нужно заявить.

Если успеете всё сделать в 2019-ом, спокойно воспользуетесь возвратом за 2016-ый. Если опоздаете и получится сделать только в январе 20-го, то лишь за 2017-ый.