Подскажите, пожалуйста, а если сертификат был получен в 2017 году и еще не использовался, будет ли на него индексация распространяться/?

Да, с 1 января индексация возобновится и размер МСК увеличится с 453 026 руб. до 466 617. Ранее, если оставить любую сумму на счёте МСК, например: 1000 рублей, индексация проходила в полном объёме.