Любовь, добрый день!
Если отец с матерью состоят в браке, то при покупке жилья с использование материнского капитала, доля отцу выделяется.
Можно более подробно посмотреть ФЗ "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей". Как раз там и написано, что "жилое помещение, приобретенное <...> с использованием средств <...> материнского (семейного) капитала, оформляется в общую собственность родителей, детей <...> с определением размера долей по соглашению".