Никаких ограничений по выплатам быть не может, если сотрудник официально устроен в вашей организации и исполняет все свои трудовые обязанности.
Ознакомьтесь с таким понятием, как работа по совместительству, это когда один человек может работать в нескольких организациях одновременно, но одна из них является основной.