Кубань запружена в Краснодарское водохранилище, откуда берётся вода для мелиорации плодородных полей Краснодарского края. Строительство водохранилищ на Кубани и её притоках меняет состав воды, в спокойных водах из воды оседают твёрдые частицы, это приводит к заиливанию водоёмов, но делает воду ниже дамбы чище, чем она была раньше.
Вода из реки используется для водоснабжения городов и промышленных предприятий, в неё также сбрасываются канализационные стоки после отчистки (а кое-где и без таковой — по некоторым данным, многие частные домовладения подключены к ливнёвке, то есть сливают нечистоты напрямую в реку).