Есть так же вариант через понимание:
import pprint >>>
n = 3 >>>
distance = [[[0 for k in xrange(n)] for j in xrange(n)] for i in xrange(n)]
pprint.pprint(distance)
[[[0, 0, 0], [0, 0, 0], [0, 0, 0]],
[[0, 0, 0], [0, 0, 0], [0, 0, 0]], }
[[0, 0, 0], [0, 0, 0], [0, 0, 0]]]
distance[0][1] [0, 0, 0] >>> distance[0][1][2]
0
Numpy и в этом случае может быть подходящей библиотекой, в описанном случае пример массива, которые заполнен нулями.