Изначально Москва — это название реки, а город, согласно летописям, называли «град Москов». Отсюда и искаженное со временем иноязычное название.
Переименование произошло по-видимому при воцарении Романовых. Названия Московия, московиты были долго (см. Герберштейна).
В целом - по той же причине, по которой Германия, которая у самих немцев называется "Дойчланд" стала и Джёрмани, и вообще Альмань (простите за русификацию). Иноязычные слова, в том числе топонимы, трудны к произношению для носителей других языков, и со временем часто адаптируются под местные правила языка.
Ну и плюс, в древности встречалось название города в варианте "Москов".
Вы ка будто утверждаете, что «Германия» – это искажённое Deutschland. А это совершенно не так.