На стороне JS можно делать еще макеты, которые дадут вам полный контроль над версткой объектов (в том числе и с использованием собственных css-стилей).
Сделайте, как посоветовал вам gregof. Стили с использованием шаблонов и макетов создайте в js, а в YMapsML - только ссылайтесь на них.
Если что-то не будет получаться - спрашивайте. Мы всегда рады помочь)
а вы можете вынести все оформление в js? а xml передавайте только данные. Для этого из xml вам нужно сослаться на стили, которые нужно будет объявить в js. Примерно так: xml: ...
...
js: var style = new YMaps.Style(); // здесь описываете требуемый вам стиль с нужными шаблонами YMaps.Styles.add("", style) //сохраняете стиль в хранилище