div поверх карты

Ну как бы "position:absolute" тоже нужно выставить ;)

Может эта ссылка будет для вас ответом: http://clubs.ya.ru/mapsapi/replies.xml?item_no=8479

У стандартных - нет. А у своего, соответственно, можете задать любой. У меток, ломаных и многоугольников можно менять.

А зачем вам понадобилось изменять z-index у стандартных контролов?

Ну, у меня меню инструментов рисования на карте перекрывает список выбора типаа карты. Т.е. сама кнопка выбора типа карты сверху моего контрола, а вот раскрывшийся список под ним. Не хочется передвигать свой контрол только для более удобного выбора типа карты :\

А инструмент рисования сделан в качестве своего контрола (custom) ?
А можно взглянуть на страничку, мб подскажу какое-то решение.

к примеру: http://map.ck.ua/#maptype=wifi

Ниже выбора типа карты, кнопка "Добавить".

 Так вот, если передвигать эту кнопку (к примеру, файрбагом), то сама кнопка оказывается под кнопкой "Схема", но если развернуть список типов карт, то список оказывается ниже по индексу, чем кнопка "Добавить".

Денис, к примеру:

http://www.koolbadges.co.uk/images/thumbnails/rtfm-200x200.jpg) center center">Что-то внутри, текст

http://www.bbmix.ru/smiles_blizzard_ru/img/smilies/rtfm.gif">

http://api.yandex.ru/maps/jsapi/doc/ref/reference/map.xml#constructor
Установите опцию propagateEvents в значение true при создании карты, тогда внешний элемент можно будет перетаскивать поверх карты. Ну а превратить ее в метку - дело техники ;)