Вопрос по YMapsML.xml

Никаких.
Я заливал на народ.ру (там была проблема с загаловками, приходилось расширение в .xml менять, но вроде уже исправили).

Вставьте скрипт который будет заливать ваш файл автоматически. Потом на продакшене поменяете.

Ну почему-же никак.
Я могу предложить аш три варианта.
1.засунуть эту карту в активные области - тут яндекс сервер не нужен
2.реализовать парсер ручками. Формат достаточно простой. В том числе в исходниках активных областей есть этот парсер, правда на пхп.
3.проследить по логам\фаербагам кто и по какому реквесту кушает ваш файл и что он отдает в замен него. После чего просто перегрузить этот урл на локальную машину( если у нас есть на локале нгинкс - в /etc/hosts говорите что яндекс(или какой хост там всплывет) - это вы. Все что не "нужный урл" - кидать на оригинальный яндекс. А вот этот - на некий врапер.

Все три решения ведут к решению через пути задние, но они интересны и занимательны