Рисую линию на карте (линию маршрута) кодирую ее в Base64, а при загрузке этой кодировки из базы координыты сбиваются на чуть чуть, а где то на много. Что это может быть?!
А вы точно правильно кодируете? Вы можете разместить эту ломаную в YMapsML и загрузить его. В этом случае ломаная закодируется в Base64 и вы сможете проверить правильности своего кодирования.