Сериализация YMaps объектов

Ну вот на сервере и формируйте YMapsML, а с клиента отправляйте JSON.
Иначе ваш пользователь может и не дождаться конца сериализации =)
ибо долго это на клиенте делать

тогда глупый вопрос, а каким образом их сериализовать в JSON? :) Т.е. например из polyline можно получить список точек и отправить их массивом, но хотелось бы получать нечто вроде GeoObject, чтобы не заморачиваться разбором на сервере, а использовать что-то вроде GeoTools

Ну сформируйте такой объект,
какой вам нужен, например:
 

var GeoObjects = $.map(lines, function (line) {
    return {
        GeoObject: {
            name: line.name,
            description: line.description,
            geometry: line.getPoints()
        }
    }
});

и отправляйте

$.ajax({
    type: 'post',
    data: JSON.stringify(GeoObjects),
    contentType: 'application/json',
    dataType: 'json'
});

ок, большой спасибо