Искал подобные темы, но ни одно из предложенных решений не подошло.
Ситуация такая:
Имеется метка на карте, при нажатии на нее вызывается пользовательская функция к яндекс картам отношения не имеющая, затемняется экран, открывается поле с информацией и т.п. Проблема в том, что на заднем плане яндекс карты начинают показывать пустой балун на месте метки, его нужно либо закрыть из popup окна, либо сразу в функции нажатия на метку.