Вопрос 1 - хранить где( база данных - если да то какая) Вопрос 2 - хранить что( одиночные координаты или именно что некую геометрию ) Вопрос 3 - хранить зачем( для обработки или чисто для хранения)
Я проверял на таблице в миллион точек, хранимых как пара double-ов. Выборка точек по области небольшого размера занимала 2 (две) миллисекунды без всяких spatial, достаточно индексов по lat и long.