Что значит YMaps.TileDataSource параметр isTransparent ?

Непонятно, зачем вообще Вы держите на карте несколько непрозрачных слоёв одновременно.

По-хорошему, нужно просто удалять невидимые слои с карты, и всё.

1) у меня есть карта города, которую я накладываю поверх Яндекс карты. Вот здесь то как я хочу:

 пример перехода с глобальной карты на пользовательскую карту города

т.е. одновременно и мой слой, и глобальная карта.

2) карта Яндекс этого города достаточно сильно прорисована, поэтому загрузка (заднего слоя Яндекс) занимает ресурсы, это надо решать.

3) и ещё я хочу сделать края карты прозрачными, чтобы если тайла нет, то я не получал 404.

может есть какие-то трюки для этого?

Выходит, что тайлы у Вас таки прозрачные :)

Трюк простой - переопределить getTileUrl(), чтобы за пределами некоторой области он всегда отдавал урл пустого тайла.

Сделать так, чтобы яндексовые тайлы в какой-то области не грузились, в настоящий момент нельзя.

Ура :)

просто хотел услышать типичное решение, счастья Вам, twirl :)