При сохранении координат метки в базе mysql ...

не знаю.

зависит от того как вы отправляете эту форму на сервер.

Вообще можно обойтись и без формы и скрытых полей, если использовать AJAX

Кнопка "submit" одновременно выполняет: document.form1.metka.value=metka в поле обработчиком onClick и отправляет стандартным методом POST форму вместе с остальными данными не скрытых полей на сервер.

что значит "обработчиком onClick"?

function load_data(){
document.form1.metka.value=metka;
}

я бы не стал так делать.

где гарантия того что во всех броузерах клик отработает раньше submit-а?

Т.е. вы считаете, что в этом вся причина?

Т.е. вы считаете, что в этом вся причина?

нет, я просто о том что лучше не полагаться на неявные алгоритмы.

Да, вы правы.

Лучше сделать добавление координат метки в скрытое поле, при клике на карте.

Ну а все таки, как можно избежать появление в value скрытого поля: [object HTMLInputElement]

Как вы думаете это поможет:

1) metka = geocoder.get(0).getGeoPoint().toString();

2) metka = mEvent.getGeoPoint().toString();

это не помешает,
но эти вещи явно не связаны, т.к. проблема именно в том что у вас инпут неправильно сериализуется при отправке

Т.е. в поле значение записывается всегда в нормальном виде, а уже из значения value может быть извлечено [object HTMLInputElement]

А может не все параметры поля указаны?

Или в нем больше нет обязательных параметров?

Вообще если вы не используете никакой предварительной обработки полей перед отправкой 

(всмысле не собираете из них данные в цикле по полям формы и формируете из них чтото)
такое не должно происходить в принципе

Да в том то и дело, что нет.

Вот вся обработка поля: и далее уже $metka заносится в базу.

нет я про обработку в js перед отправкой формы