Раньше я реализовал собственный интерфейс ILayer и добавлял его на карту методом map.addLayer(new MyLayer());
Этим новым слоем был мой собственный элемент html5 canvas, на котором жили мои кастомные оверлеи.
PS да, я вижу что новая версия тоже перешла на canvas, возможно я больше не буду использовать мой собственный canvas, но очень бы хотелось увидеть решение этой задачи (так сказать в образовательных целях.)
