Как достучаться до map.pane.Manager?

map.pane.Manager

без ymaps

Предполагается, что вам не придется самостоятельно инстанцировать map.pane.Manager.

У карты автоматически создается менеджер pane-ов, достучаться до него можно через поле map.panes

map.panes

Инстанцироть pane.Manager самостоятельно нет никакого смысла. Какую проблему вы хотите решить?