slice довольно дорогая операция. Редко кому нужно менять номера тайлов, поэтому каждый раз перестраховываться, теряя в производительности, вроде бы не очень хорошо.
Я не очень поняла вопрос - видимо имеется в виду порядок наложения прозрачных слоев. Для того, чтобы слои накладывались строго один на другой, нужно завать им соответствующие значения опции zIndex.
Создайте слой, который будет показывать навителовские пробки, и добавьте его на карту. Если его zIndex будет выше, чем у ваших тайлов, и слой будет прозрачным, то он ляжет поверх карты.