можно хранить в YMapsML, да и на самом деле хранить можно в чем угодно и в чем удобно, а при отправке на клиент превращать в JSON и на клиенте строить по этим данным полилинии (вызывать конструктор ymaps.Polyline), используя переданную геометрию
Карта с предварительной настройкой и пользовательскими точками. Проблема именно с первичной настройкой (тип карты, границы, точки с статическими объектами и маршруты по дорогам через указанные точки (viaPoint, wayPoint)). Для первичной настройки отлично подходит YMapsML, но есть проблемы с маршрутами.
Их нельзя добавить в YMapsML. Полилинии это не маршрут, нужно автоматическое построение маршрута по точкам как в ymaps.route, но таких объектов нет в спецификации YMapsML.