2 карты, несколько меток на каждой

var map1 = new ymaps.Map(...),

    map2 = new ymaps.Map(...),

    placemark1ForMap1 = new ymaps Placemark(...),

    placemark2ForMap1 = new ymaps Placemark(...),

    placemark1ForMap2 = new ymaps Placemark(...),

    placemark2ForMap2 = new ymaps Placemark(...);

map1.geoObjects

    .add(placemark1ForMap1)

    .add(placemark1ForMap1);

map2.geoObjects

    .add(placemark1ForMap2)

    .add(placemark1ForMap2);