Вызов пользовательсой функции при открытии балуна

странная логика у вас.

зачем передавать ссылку на функцию в метод open, если он принимает один параметр - массив чисел-координат?

почему нельзя просто сделать

myPlacemark.balloon.open();

myAleRt();

?

Или может стоит открывать балун только когда данные ajax-ом для него уже загрузятся?

Для этого передать код его открытия через замыкание в callback-функцию AJAX-загрузчика

myAjaxLoader(function (loadedBalloonContent) {    myPlacemark.properties.set({ balloonContent : loadedBalloonContent });    myPlacemark.balloon.open();});

ну и имитация AJAX загрузчика:

function myAjaxLoader (callback) {    // тут будет AJAX запрос, а пока фейк    setTimeout(function() {         callback('Это контент балуна');    }, 5000);}

Ну а чтобы сделать совсем круто, можно создать свой макет балуна, в контенте которого будет сначала надпись "идет загрузка..." и при получении данных заменять ее на полученный контент, тогда открывать балун можно сразу, без задержки.

var myBalloonContentLayout = ymaps.templateLayoutFactory.createClass('
$[properties.balloonContent|идет загрузка...]
');