Вообще удалять абсолютно все объекты в map.geoObjects - потенциально опасная операция - вы можете удалить не только объекты, которые добавили сами, но и какие-то служебные геообъекты апи.
Если нужно добавлять и удалять одновременно несколько объектов, объедините их в коллекцию, и удаляйте ее.