Lightbox внутри балуна

возможно, проблема заключается в том, что событие лайтбокса у вас применяется к объектам просто через click(), а так как карта подгружается в страницу только после загрузки страницы, а событие клик при таком вызове не действует на динамически созданных объектах, то нужно повесить событие click() на ссылку или картинку в балуне через myElement.bind('click', function(){...});