Решил. задаем метке чтото типа mypoint.properties.set("iconContent", '<div id="mark'+ id +'">'+time+'</div>');
после вывода метки : map.geoObjects.add( mypoint );
возращяемся к нужному классу var mstyle = $('#mark'+id).parent().parent().parent();
и задаем ему стили mstyle.css('opacity', '0.8');